Pendidikan Pesantren adalah pendidikan yang diselenggarakan oleh dan berada di lingkungan pesantren dengan mengembangkan kurikulum sesuai dengan kekhasan pesantren dengan berbasis kitab kuning atau dirasah islamiyah dengan pola pendidikan mu’allimin.
Sistem KMI (dirasah islamiyah dengan pola pendidikan mu’allimin) telah diterapkan oleh Pondok Modern Gontor sejak puluhan tahun yang lalu, sebagai kurikulum khas Gontor.­ Sistem tersebut kemudian diikuti oleh pesantren-pesantren yang didirikan oleh alumni Gontor dengan melihat kenyataan-kenyataan sebagai berikut:

1. Sistem Kulliyatul Mu’allimîn Al-Islâmiyyah (KMI) merupakan hasil “ijtihad” para pendiri Pondok Modern Gontor; K.H. Ahmad Sahal, K.H. Zainuddin Fannani, dan K.H. Imam Zarkasyi, yang dilakukan sejak tahun 1926, dalam rangka­ melakukan “modernisasi” terhadap sIstem pendidikan pesantren sebagai “Indigenous Culture” (budaya asli) bangsa­ Indonesia, sehingga masyarakat kemudian menyebut­ Pondok Gontor dengan “Pondok Modern”.
2. Sepanjang hayatnya yang melewati 5 kurun waktu (masa penjajahan, masa awal kemerdekaan, masa orde lama, masa orde baru, dan masa reformasi), Pondok Modern Gontor tetap bertahan dengan sistem KMI secara konsekuen dan konsisten, di tengah-tengah berbagai perubahan yang terjadi dalam dunia pendidikan bangsa Indonesia. Bahkan para pendiri Pondok Modern Gontor “berwasiat” agar sistem KMI tetap dipertahankan sampai kapan pun, serta mengharapkan agar di Indonesia muncul seribu Gontor (KMI) atau lebih. Harapan ini sesuai dengan harapan beberapa Tokoh Pendidikan Nasional dan Internasional yang pernah berkunjung ke Gontor dan mengetahui keunggulan sistem KMI.
3. KMI memang tidak sama dengan sekolah atau madrasah formal, seperti MTs dan MA atau SMP dan SMA atau Madrasah-madrasah Diniyah dan Salafiyah, tetapi secara substansial, KMI telah memenuhi Standar Nasional Pendidikan seperti yang ditetapkan dalam Peraturan Pemerintah No. 19 Tahun 2005, bahkan dalam beberapa aspek melebihi standar tersebut.
4. Hal ini membuktikan bahwa sepanjang sejarahnya KMI telah mampu mencetak alumni-alumni yang berkualitas dan diakui keunggulannya, yang tersebar secara luas dalam berbagai bidang atau profesi, baik sebagai pakar, tokoh atau praktisi, baik di pemerintahan (eksekutif, legislatif, yudikatif) maupun di tengah masyarakat bangsa dan dunia.
5. Salah satu bukti keunggulan tersebut, adalah bahwa sistem KMI telah mendapatkan “pengakuan” (muadalah) dari berbagai institusi atau universitas di luar negeri, seperti Al-Azhar University, Cairo; Islamic University, Madinah Munawarah; University of The Punjab, Lahore, Pakistan; Al-Zaitun University, Tunisia; International Islamic University Islamabad, Pakistan; International Islamic University, Malaysia; University Kebangsaan Malaysia.
6. Di dalam negeri, sejak tahun 1998, Pemerintah Republik Indonesia secara resmi telah mengeluarkan Pengakuan Penyetaraan atau Muadalah Ijazah KMI dengan Ijazah Madrasah Aliyah (MA) dan Sekolah Menengah Atas (SMA).
7. Kurikulum KMI (Dirasah Islamiyah dengan Pola Pendidikan Mu’allimin) sekarang sudah masuk dalam Sistem Pendidikan Nasional berdasarkan Undang-Undang nomor 18 tahun 2019 tentang Pesantren yang disahkan oleh DPR-RI pada tanggal 24 September 2019.