Sejatinya, kemajuan suatu bangsa terletak pada tsaqafah dan madaniyah. Tsaqafah adalah gerakan yang tidak tampak tapi memiliki pengaruh yang sangat dahsyat. Contohnya membina, mendidik, menegakkan disiplin, memotivasi dan sebagainya.

Madaniyah adalah gerakan yang tampak dan juga mempunyai pengaruh yang tidak sedikit bagi kehidupan. Contohnya adalah pembangunan jalan, masjid, balai pertemuan, alat transportasi, dan sebagainya. 

Dua gerakan tersebut, jika terintegrasi dan saling bersinergi akan menjadi kekuatan yang hebat, yang dinamakan dengan hadharah.

Mengingat pentingnya gerakan tersebut, maka segala potensi dan upaya untuk meningkatkan kualitas tsaqafah dan madaniyah diperlukan. Wadah yang tepat untuk itu adalah institusi pendidikan.

Institusi manapun dan apapun, baik formil, informil, dan non formal, tradisional dan modern, pasti memiliki standar operasional dan sistem dalam melaksanakan gerakan-gerakan tsaqafah. Pendidikan nasional memiliki sistem pendidikan sendiri, baik manajemen, pembinaan, bahkan sistem ukur hasil proses belajar akhir UAN. Lembaga pendidikan tradisional, seperti pondok salafiyah, juga memiliki sistem, manajemen, pembinaan, dan pengajaran sendiri.

Lembaga pendidikan pesantren salafiyah secara manajemennya dikelola oleh kiainya. Sementara pembinaan terhadap santri hanya difokuskan pada pembinaan aqidah tauhid. Tidak tampak banyak pembinaan karakter. Adapun pengajaranya hanya difokuskan pada penguasaan terhadap buku turots atau kitab kuning yang menggunakan sistem sorogan sebagai sitem transformasinya.

Adapun lembaga pendidikan pesantren modern seperti Gontor juga memiliki sitem yang spesifik dalam melaksanakan gerakan-gerakan tsaqafah tarbawiyah. Sistem pendidikan Gontor diciptakan untuk totalitas kehidupan. Maka, sistem pendidikan Gontor itu sifatnya holistik dan komprehensif. Bukan hanya kepentingan akademis saja, tapi character building. Bahkan, untuk kepentingan kelangsungan hidup.

Ada beberapa sistem kunci yang diterapkan Gontor dalam menggerakkan dan menata totalitas kehidupan. Sistem-sistem tersebut adalah: Sistem pengajaran, sistem kepemimpinan, sistem pendanaan, sistem kaderisasi, sistem kesejahteraan, dan sistem kepengasuhan.

Sistem-sistem tersebut di atas senantiasa dipertahankan oleh Gontor secara konsisten dan tidak berubah-ubah pada pokoknya. Perubahan atau modifikasi hanya pada tataran pelaksana dari generasi ke generasi. Gontor menganut prinsip “al-muhafadzah ‘ala al-qodimi as-sholih wal akhdzu bil jadiidil aslah.”

Berbeda dengan Gontor, sistem pendidikan dan pengajaran di luar Gontor selalu mengalami perubahan-perubahan sesuai dengan selera decision maker atau pemimpinya. Sebagai contoh, ketika menteri pendidikan atau dirjen pendidikan baru, maka sistem pendidikannya berubah pula. Padahal sistem lama belum sempurna penerapanya dan aplikasinya bahkan hasilnyapun belum ada.

Di pesantren selain Gontor perubahan-perubahan sistem di atas juga kerap terjadi ketika Kiai atau pimpinannya meninggal dunia atau digantikan orang lain.

Ada lagi perbedaan yang signifikan antara sistem pendidikan Gontor dengan lainnya. Sistem-sistem Gontor tersebut lahir dari pengalaman dan penciptaan dinamika kehidupan secara totalitas, seperti adanya aktivitas-aktivitas. Bukan dari teori ahli pendidikan. Sebaliknya, sistem-sistem di luar Gontor bersumber dari teori-teori yang diciptakan oleh ahli-ahli pendidikan yang belum tentu sesuai dengan kemampuan dan kondisi lembaga pendidikan tersebut. Kalau diamati dan dianalisa secara mendalam, adanya sistem-sistem pendidikan yang variatif dan berbeda dalam institusi-institusi pendidikan dapat disimpulkan bahwa sebenarnya telah terjadi perang sistem pendidikan “antara pendidikan umum atau nasional dengan pendidikan pesantren.” Hanya peperangan tersebut tidak terlihat secara fisik.

Pemenang perang sistem pendidikan tersebut dapat diklaim oleh Gontor. Ini karena konsistennya, pendidikan Gontor dari waktu ke waktu dianggap baik serta diterima oleh masyarakat. Buktinya, kepercayaan masyarakat terhadap Gontor semakin besar dengan indikasi santrinya bertambah terus sehingga Gontor mengembangkan kemampuannya sampai 16 cabang.

Sistem-sistem itu dapat dikatakan baik atau buruk, kuat atau lemah, apabila melalui proses-proses berikut ini:

1. Sistem diuji kelayakannya dengan cara dibandingkan dengan sistem yang lainnya.
2. Memiliki ketahan atau tidak
3. Memiliki hasil
4. Alumninya mampu bersaing di masyarakat.

Sistem Gontor sudah teruji selama kurang lebih 84 tahun dan tetap konsisten tanpa ada intervensi pihak lain. Tidak berkiblat kepada sistem pendidikan nasional atau luar negri. Bahkan Departemen Pendidikan Nasional dan Agama telah memberi persamaa setingkat menengah atas dan aliyahtanpa harus mengikuti kurikulum mereka dan UAN.

Selain bertahan, sistem pendidikan di Gontor, yang dibangun diatas jiwa dan filsafat, mampu menghasilkan SDM yang idealis, bahkan alumninya mampu bersaing di masyarakat. Seperti menduduki jabatan, ketua organisasi besar Indonesia (NU dan Muhammadiyah), ada pula yang menjabat sebagai menteri agama, ketua MPR, rektor, dan sebagainya.

“Ada beberapa sistem kunci yang diterapkan Gontor dalam menggerakkan dan menata totalitas kehidupan. Sistem-sistem tersebut adalah: Sistem pengajaran, sistem kepemimpinan, sistem pendanaan, sistem kaderisasi, sistem kesejahteraan, dan sistem kepengasuhan”.